Szamotuły były własnością najznaczniejszych w Wielkopolsce rodów: Szamotulskich i Górków. Po raz pierwszy nazwa de Samotul pojawia się na dokumencie księcia Władysława Odonica z 23 kwietnia 1231 roku. W formule wymieniającej świadków znajdujemy między innymi imię właściciela Szamotuł Wincentego. Prawa miejskie uzyskały Szamotuły prawdopodobnie przed rokiem 1257 z nadania księcia Przemysława I. W 1450 roku Dobrogost i Piotr Szamotulscy, otrzymali od Kazimierz Jagiellończyka przywilej lokacji miasta na prawie niemieckim.
Obok czynników gospodarczych i politycznych także sprzyjające położenie geograficzne Szamotuł sprawiło, że z niewielkiej osady targowej powstało znaczące i ruchliwe skupisko miejskie. W szesnastym stuleciu miasto i zamek przeżywają niezwykłe ożywienie. Z Szamotuł wywodzą się Mateusz - astronom, Jan Paterek - teolog, Wacław - kompozytor, Wacław - wierszopis, Grzegorz Snopek - archidiakon poznański. Mecenat właścicieli miasta, ich przychylność, sprawiły, że Szamotuły przeżywały w wieku szesnastym swój "Złoty okres".
W 1666 roku ciąg niezwykłych i cudownych zdarzeń, związanych ze sprowadzoną przez Aleksandra Wolfa ikoną Matki Boskiej Kazańskiej, pozwala na uroczyste przeniesienie świętego wizerunku z zamku do kolegiaty, gdzie znajduje się do dzisiaj otoczona szczególnym kultem. Po wojnach szwedzkich podupadłe miasto ożywiło się ponownie dopiero na początku XIX w. W latach 1918-1919 Szamotuły stanowiły jeden z ważniejszych ośrodków powstania wielkopolskiego. Okupacja hitlerowska trwała tu od 7 września 1939 r. do 26 stycznia 1945 r. Obecnie Szamotuły są miastem rolniczo-przemysłowym jednym z centrów folkloryzmu, zabytków i turystyki.